Na územie Hornej Nitry zasahuje veľkoplošná Chránenná krajinná oblasť Ponitrie a to svojou severnou časťou, ktorú tvorí vulkanický masív pohoria Vtáčnik. Zložitý geologický vývoj s niekoľkými fázami vulkanizmu, tektonickými pohybmi a erózno-denudačnými pochodmi mu dali dnešnú podobu. Vplyvom značnej klimatickej a pôdnej diferenciácie a tvárnosti reliéfu sa tu vytvorila pestrá mozaika vegetačného krytu s typickým živočíšstvom pre existujúce biotopy.

V tejto CHKO Ponitrie sa nachádza niekoľko maloplošných chránených oblastí:

NPR Pralesy Slovenska - Vtáčnik – Nachádza sa v katastre obcí Lehota pod Vtáčnikom, Kľak a Kamenec pod Vtáčnikom v okrese Prievidza a tiež v okrese Žarnovica v Trenčianskom a Banskobystrickom kraji. Význam rezervácie spočíva v značnej vegetačnej rozmanitosti. NPR je vyhlásená na ochranu typických vrcholových spoločenstiev buka vystavených extrémnym klimatickým pomerom. SZ od vrchola samotného Vtáčnika sa rozprestiera rozsiahle kamenné more. Územím prechádza Ponitrianska magistrála (červená značka č. 0810) a k nej sa pripája niekoľko značiek z oboch strán hlavného hrebeňa.

NPR Veľká skala – nachádza sa na úpätí pohoria Vtáčnik. Pralesová lokalita je vo svahu na západnej strane Bystričianskej doliny. Nachádza sa v nadmorskej výške 505 až 820 m n. m. a najvyšším bodom je vrchol Veľkej skaly.

Reliéf je tvorený výraznou scenériou skalných brál, svahov pokrytých rozsiahlymi skalnými moriami. Bystričianska dolina, ktorou prechádza modrá značka č. 2604, má v týchto miestach kaňonovitý charakter.

PR Buchlov – nachádza sa v katastre obcí Čereňany a Oslany v okrese Prievidza. Rezervácia zaberá časť vrchov Buchlov, Žarnov a hrebeňa medzi nimi. Význam rezervácie spočíva v ochrane zachovaných prírodných lesných a skalných spoločenstiev na bohato stvárnenom sopečnom vedľajšom hrebeni pohoria Vtáčnik. Procesy erózie spôsobili rad stĺpovitých, vežovitých útvarov a pri úpätí vytvorili kamenné moria. Rezerváciou prechádza žltá značka č. 8401. 

PR Makovište – územie sa nachádza JV od obce Kamenec pod Vtáčnikom, na pravej strane Gepňiarovej doliny. Síce cez ňu nevedie turisticky značený chodník, no od Chaty pod Končitou či od Bystričianskeho potoka sa dajú nájsť vyšliapané chodníčky, ktoré nás zavedú do tejto PR, ktorá ukrývala aj partizánov. Starý bukový les so svojimi pokrútenými stromami má svoje čaro a atmosféru. Umocňujú ju aj viaceré skalné vyhliadky, ktoré lemujú vrchná časť PR. Možeme z nich sledovať Veľkú skalu či Dvanásť apoštolov (rad skalných bášť nad Bystričianskou dolinou). Určite sa tu oplatí poblúdiť a hľadať krásne zákutia.

Ak budeme hornú časť Makovišťa lemovať popri skalných stenách, prídeme ku Medvedej skale. Nachádza sa na nech malý železný kríž s vrcholovou knihou. Vrchol však treba pokoriť lezením. 

Procesy zvetrávania rozčlenili toto územie na množstvo skalných veží, bášt, skalných stien a osypov. Je tu trvale povolená horolezecká činnosť.

PR Dobrotínske skaly – nachádzajú sa v katastri obce Veľké Uherce v okrese Partizánske. Sú vyhľadávanou turistickou atrakciou, nakoľko v ich vrcholových častiach môžete obdivovať skaliská najrôznejších tvarov a tiež skalné stepi. Zo skál sú pekné výhľady na protiľahlý Hrubý vrch, Oselný vrch a blízke okolie. 

Územie je v SV časti pohoria Tríbeč. Geologickým podkladom je dolomitický vápenec a dolomit. Územie je vypuklý kamenitý svah s početnými terasami orientovanými na juh, sklon skalnej steny je miestami až 60°. Nachádza sa tu tiež malá jaskyňa, prístupná po drevených značkách.

PP Končitá – medzi skalolezcami nazývaná aj slovenský boulderingový poklad. Patrí medzi ďalšie územie, kde je trvale povolená horolezecká činnosť a súčasne ako PR Makovište sa nachádza JV od obce Kamenec pod Vtáčnikom. Je to typicky vulkanické územie so skalnými vežovitými bralami a baštami, ktoré vystupujú z okolitého terénu.

Mimo CHKO Ponitrie, ale v pohorí Vtáčnik sa nachádzajú ďalšie maloplošné chránené územia:

NPR Pralesy Slovenska - Veľký Gríč – je výraznou krajinnou dominantou na rozhraní Hornonitrianskej kotliny a Vtáčnika. Strmé andezitové skaly sú veľkým lákadlom pre skalolezcov a strmé trávnaté stráne hostia mnohé zaujímavé a vzácne druhy slovenskej flóry, ktoré sú typické skôr pre horské polohy vápencových pohorí. Okrem pestrého zloženia drevín, patria medzi zaujímavosti aj stále aktívne zosuvy a rozsiahle prirodzené kamenné moria.

Zatiaľ čo turistický chodník vedie nenáročným lesom, z druhej strany vedie i neoficiálna "ferrata" cez vzdušnú stenu zaistenú reťazou. 

Od 1. 12. 2021 nadobudlo účinnosť nariadenie vlády SR č. 427/2021 Z. Z., ktorým sa vyhlásila táto PR ako Prales Slovenska. V územnej pôsobnosti správy sa nachádzalo aj územie NPR Vtáčnik. Účelom vyhlásenia je zabezpečenie ochrany prirodzených procesov a umožnenie prirodzeného vývoja prírodných spoločenstiev nachádzajúcich sa na ich územiach, ako aj zabezpečenie priaznivého stavu predmetov ochrany prírodných rezervácií. Vyhláseniu rezervácií predchádzal dlhoročný proces vrátane mapovania a identifikácie pralesov a pralesových zvyškov.

PR Biely kameň – mohutný skalný reliéf podkovovitého tvaru dlhý 150 m. Zvetrávacím procesom bol vymodelovaný do početných stĺpov, bášt a rebier. Hlavný význam ochrany je v geologickej hodnote, krajinnej a estetickej dominantnosti. 

PP Sivý kameň – sa skladá z dvoch samostatných vrholov, a to Sivý kameň a Krivá skala, ktoré sú oddelené prielomom potoka Ťakov. Ochrana je zameraná na vymodelované čelá lávových prúdov andezitu, ktoré vytvárajú bralnatý reliéf, v sopečných pohoriach zriedkavý. Súčasťou tejto scenérie nad obcou Podhradie, sú aj zvyšky zrúcaniny stredovekého hradu z 2. polovice 13. storočia. Lokalita je kúsok od žltej značky č. 8405.

PP Hradisko – reprezentovaná morfologicky výraznými skalnatými formami na kopci Hradec (514 m) nad obcou Hradec, na úpätí pohoria Vtáčnik. Objavili sa tu nálezy stôp po Keltoch i Dákoch. Z čias Slovanského osídlenia pochádza nález malého pozláteného bronzového kovania, pravdepodobne vyrobené v okolí Salzburgu. Výskum preukázal, že obchodné cesty mohli v čase 8. - 9. storočia prechádzať týmto územím a Hradisko slúžilo aj ako strážny bod. V oblasti sa však našli aj stašie nálezy z mladšej doby kamennej. Neďaleko prechádza cyklotrasa Hradecká radiála č. 8322.

CHA Brodziansky park – nachádza sa v katastri obce Brodzany v okrese Partizánske. Ide o historický park založený koncom 19. storočia v blízkosti renesančno-barokového kaštieľa. Základy parku tvoria domáce stromy, ktoré majiteľka Natália Friesenhofová neskôr obohatila aj o cudzokrajné dreviny, a to hlavne o platany. O park sa vtedy staral dvorný záhradník Jozef Knížek. Príjemnú atmosféru parku dotvárajú vodné plochy s kaskádami, jazierkom, drevenými mostíkmi a terasami, ktoré vodou napĺňa potok Gerazda. 

Územie bolo vyhlásené v roku 1984 na rozlohe 6,7 ha. Platí tú 3. stupeň ochrany. 

 PP Kobylince – nachádza sa v katastri obcí Hradec a Malá Lehôtka (časť Prievidza) na rozlohe 2,5 ha. Ide o kaňon, v ktorom je odkryté súvrstvie handlovských uhoľných slojí. Unikátny zárez nevytvoril svojou banskou činnosťou človek, ale sama príroda. Lepši povedané uhoľný sloj dokázal odhaliť miestny potok. Územie treba chrániť z ekologického, náučného a vedeckovýskumného hľadiska.

Ďalším zasahujúcim veľkoplošným územím je Chránená krajinná oblasť Strážovské vrchy. Bola vyhlásená za účelom zabezpečenia ochrany a racionálneho využívania najzachovalejších častí jej prírodného prostredia a chránených území:

NPR Rokoš – nachádza sa v podcelku Nitricke vrchy. Okrem celého vrchu Rokoš, zaberá aj susedné bralá Srnnej a Košútovej skaly.

Je významná ako doklad vzájomného prelínania teplomilnej vegetácie a vegetácie montánneho rázu, ale aj z hľadiska vodohospodárskeho. Je to jediná lokalita Západných Karpát, kde rastie súčasne borovica lesná i dub plstnatý. Najvyšší vrch rezervácie Rokoš je významný aj z historického hľadiska ako miesto výstupov Ľ. Štúra a A. Dubčeka. Rezerváciou prechádza červená značka č. 0708 a vedú sem z oboch strán hrebeňa ďalšie prípojné značky.

PP Brloh / Brložná diera – je verejnosti voľne prístupná jaskyňa v masíve Malého Rokoša. Nachádza sa v katastri obce Nitrianske Sučany. Ide o priestrannú chodbu o veľkosti 3 x 10 m, ktorá sa tiahne 40 m hlboko do masívu. 

V dávnej minulosti bola osídlená človekom o čom svedčia aj nápisy v jej vstupnej časti. V zime tu hybernujú motýle a netopiere, a tak z tohto dôvodu nie je v tomto období povolený vstup do jaskyne. Jaskyňa je jednou zo zástavou NCH Františka Madvu.

PP Košútová jaskyňa – je taktiež verejnosti voľne prístupná jaskyňa, v masíve Košútovej skaly, vyhliadkového brala vypínajúceho sa nad Nitrianskym Rudnom. Túto 10 m dlhú jaskyňu niekedy nazývajú i Čiernym kotlom. Nachádza sa v katastri obce Nitrianske Rudno. Je zdobená zaujímavými sintrovými nátekmi. 

PR Temešská skala – zasahuje do katastra obcí Temeš, Čavoj a južnou časťou aj do Nevidzian. Je výraznou dominantou Rudnianskej kotliny a náleziskom teplomilnej flóry. Mohutný skalný masív v sebe ukrýva aj jaskyňu. Ponúka nenáročnú turistiku v každom ročnom období. Prechádza cez ňu žltá značka č. 8403.

PR Rysia – patrí ako jedna z mála PR do súkromných rúk (lesoochranárske zoskupenie VLK). Má rozlohu 30 ha a nachádza sa v katastri obce Valaská Belá, v povodí rieky Nitrica. 

PP Prielom Nitrice – nachádza sa pri obci Valaská Belá. Predmetom ochrany sa stal kaňon, vytvorený riečkou Nitrica (Belanka).

PR Veľký vrch – tento kuželovitý vrch nad obcou Malé Kršťenany je významnou lokalitou vzácnych teplomilných spoločenstiev rastlín a živočíchov, podmienených dolomitickým podkladom, ktorý vystupuje vo forme skaliek a brál.

Jeho hodnotu však devastuje ťažba v dvoch kameňolomoch. Jeden z nich tu funguje už od roku 1931, kedy sa vyťažený dolomit používal ako výborné prírodné hnojivo. Ťažba je postupne utlmovaná, no je zjavné že úplne zastavenie by prírode pomohlo najviac.

Výskum z roku 1997 zistil v rámci PR 712 druhov chrobákov, z ktorých 6 patrí k chráneným, 3 k ohrozeným a ďalších 10 môžeme radiť medzi zraniteľné. Dva druhy sú dokonca považované za nové druhy pre faunu chrobákov Slovenska.

PP Nitrica – je na území obcí Hradište a Skačany. Chránené je zo stránky biologickej, estetickej aj vodohospodárskej. Predmetom ochrany sú zvyšky pôvodného toku riečky Nitrica so zachovalým brehovým porastom a lužným lesom v severnom výbežku Podunajskej nížiny. Uplatňuje sa aj ako ukážkové refúgium zveri.

Mimo oboch CHKO sa na území Hornej Nitry nachádzajú ďalšie maloplošné chránené územia:

NPR Vyšehrad – rozkladá sa nad obcou Nitrianske Pravno na hrebeni pohoria Žiar. Je to vlastne výšinné hradisko na vrchole Vyšehrad (830 m) a pochádza z prelomu doby bronzovej a železnej. Z archeolog. nálezov vyplýva, že Vyšehrad bol oi. významným centrom slovanského osídlenia v období Veľkej Moravy.

PP Hájska jaskyňa – je verejnosti voľne prístupná jaskyňa v masíve Hájskej skaly v pohorí Žiar, východne od obce Ráztočno. Vstup do jaskyne sa nachádza v nadmorskej výške 589 m n. m. a je dlhá 25 m. Vznikla činnosťou priesakových vôd a dvojica vchodov sa stretáva v 6 m vysokom dóme. Podľa nálezov bola jaskyňa obývaná už v neolite. 

NPP Prepoštská jaskyňa – nachádza sa na úpätí travertínovej kopy, na ktorej je postavená budova bojnickej fary. V jej areáli sa nachádza Múzuem praveku, vďaka významnému nálezisku. Ide o archeologicko-paleontologickú lokalitu – jedno z prvých miest osídlenia Hornej Nitry pračlovekom koncom stredného paleolitu. 

Staré mesto Bojnice a zámok ležia na mohutnej travertínovej skale, ktorá patrí k najväčším na Slovensku. Vytvorila sa na základe vápnika, ktorý obsahovala vyvierajúca minerálna voda. Jaskyňa má charakter skalného previsu. Približná šírka je 12 metrov a výška od 4,5 do 8 metrov. Objavených tu bolo množstvo štiepaných kamenných nástrojov, fosílne zvieracie kosti (mamut, nosorožec, jaskynný lev, jeleň, prakôň, zubor, srnec, ako aj ďalšie kosti cicavcov a vtákov). 

Jaskyňa bola objavená v roku 1926 prepoštom Karolom Antonom Medveckým. Názov dostale práve podľa tohto archeológa-amatéra.

PP Bojnická hradná jaskyňa – je prírodná travertínová jaskyňa s priemerom 22 m a výškou 6 m. Nachádza sa 26 m pod úrovňou 4. nádvoria Bojnického zámku. Je prístupná len v rámci prehliadkovej trasy po zámku. Vznikla účinkom atmosférických zrážok vody, ktorá sem vtekala kráterom a vonkajšími puklinami. Nachádzajú sa tu 2 jazierka, ktoré sú pravdepodobne spojené s inými v ďalších podzemných priestoroch, na ktoré je táto travertínová kopa bohatá. 

Obyvatelia hradu o nej dávno vedeli, kedže im slúžila ako úkryt a zároveň ako zásobáreň vody. Znovu ju však objavili až v roku 1888, keď počas poslednej prestavby čistili a opravovali hradnú studňu. Jaskyňa bola verejnosti sprístupnená prvýkrát v roku 1967.